COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 2.231679 2.231679 2.595340
2021-06-19 17:00:00 2.156796 2.156796 2.661283
2021-06-18 17:00:00 2.318952 2.318952 2.741565
2021-06-17 17:00:00 2.665138 2.665138 2.830216
2021-06-16 17:00:00 2.876397 2.876397 2.915685
2021-06-15 17:00:00 2.260976 2.260976 2.982033
2021-06-14 17:00:00 3.780900 3.780900 3.109565

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 1.749838 1.749838 2.125989
2021-06-19 17:00:00 1.715686 2.315609 2.175926
2021-06-18 17:00:00 1.781896 1.781896 2.229343
2021-06-17 17:00:00 2.231237 2.231237 2.312060
2021-06-16 17:00:00 2.803738 2.803738 2.455024
2021-06-15 17:00:00 2.401372 2.401372 2.519469
2021-06-14 17:00:00 2.127660 2.689243 2.536497

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 13.235294 13.235294 7.404084
2021-06-19 17:00:00 4.391892 4.391892 7.059388
2021-06-18 17:00:00 4.861111 4.861111 7.076857
2021-06-17 17:00:00 10.097720 10.097720 7.133557
2021-06-16 17:00:00 6.751055 6.751055 7.187543
2021-06-15 17:00:00 9.090909 9.090909 7.345869
2021-06-14 17:00:00 1.162791 0.331675 7.492242

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 3.716449 2.586826 3.164148
2021-06-19 17:00:00 4.946524 3.074866 3.219289
2021-06-18 17:00:00 3.543488 3.543488 3.248360
2021-06-17 17:00:00 3.209302 3.209302 3.301141
2021-06-16 17:00:00 2.896007 2.896007 3.401270
2021-06-15 17:00:00 1.580247 3.555556 3.399193
2021-06-14 17:00:00 2.163462 3.338068 3.423613

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 9.658422 9.658422 7.959640
2021-06-19 17:00:00 6.414398 6.414398 6.988019
2021-06-18 17:00:00 4.881387 4.881387 6.273874
2021-06-17 17:00:00 9.022039 9.022039 5.677360
2021-06-16 17:00:00 16.356513 16.356513 5.125148
2021-06-15 17:00:00 18.085106 18.085106 4.694733
2021-06-14 17:00:00 19.512195 19.512195 4.551493

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 6.013180 6.013180 5.782008
2021-06-19 17:00:00 6.296547 6.296547 5.902017
2021-06-18 17:00:00 4.637492 4.637492 6.153877
2021-06-17 17:00:00 6.425993 6.425993 6.375075
2021-06-16 17:00:00 3.935310 3.935310 6.438436
2021-06-15 17:00:00 2.323330 2.323330 6.525781
2021-06-14 17:00:00 17.838542 17.838542 6.884049

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 0.608167 0.608167 1.357385
2021-06-19 17:00:00 0.918555 0.918555 1.454506
2021-06-18 17:00:00 2.180095 2.180095 1.505970
2021-06-17 17:00:00 2.024648 2.024648 1.643045
2021-06-16 17:00:00 2.777778 2.777778 1.703201
2021-06-15 17:00:00 1.096892 1.096892 1.845637
2021-06-14 17:00:00 1.049869 0.359712 1.925800

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 2.375131 4.139015 3.439812
2021-06-19 17:00:00 2.594400 2.594400 3.499202
2021-06-18 17:00:00 4.603821 4.603821 3.560480
2021-06-17 17:00:00 2.928870 2.928870 3.649298
2021-06-16 17:00:00 3.770103 3.770103 3.718216
2021-06-15 17:00:00 2.957393 2.957393 3.600191
2021-06-14 17:00:00 5.167598 2.935731 3.681358

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 1.453958 1.453958 1.390678
2021-06-19 17:00:00 7.909605 1.159901 1.395029
2021-06-18 17:00:00 1.545894 1.545894 1.359522
2021-06-17 17:00:00 1.491301 1.491301 1.383904
2021-06-16 17:00:00 1.127214 1.694232 1.371716
2021-06-15 17:00:00 0.601504 1.353383 1.375801
2021-06-14 17:00:00 0.768049 1.371521 1.360667

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 1.154275 1.154275 1.444996
2021-06-19 17:00:00 1.064387 1.456774 1.489690
2021-06-18 17:00:00 0.859793 0.859793 1.541299
2021-06-17 17:00:00 1.799007 1.799007 1.630943
2021-06-16 17:00:00 2.126952 2.126952 1.703187
2021-06-15 17:00:00 1.528769 1.528769 1.778951
2021-06-14 17:00:00 1.560588 0.829336 1.807898

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 1.547988 1.547988 1.763113
2021-06-19 17:00:00 1.357082 1.357082 1.844503
2021-06-18 17:00:00 2.522523 2.522523 1.952717
2021-06-17 17:00:00 1.772152 1.772152 2.068876
2021-06-16 17:00:00 2.165795 2.165795 2.134906
2021-06-15 17:00:00 1.437556 1.437556 2.216414
2021-06-14 17:00:00 1.094891 0.261780 2.258677

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 2.558635 2.558635 1.633097
2021-06-19 17:00:00 1.763224 1.763224 1.552863
2021-06-18 17:00:00 2.090592 3.129074 1.425248
2021-06-17 17:00:00 2.222222 1.017812 1.345515
2021-06-16 17:00:00 0.254453 0.254453 1.245421
2021-06-15 17:00:00 2.673797 1.069519 1.204258
2021-06-14 17:00:00 2.721088 1.043025 1.157917

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 5.298013 5.298013 4.039222
2021-06-19 17:00:00 4.469274 4.469274 4.415143
2021-06-18 17:00:00 6.428571 6.428571 4.235020
2021-06-17 17:00:00 8.154506 3.862661 4.305377
2021-06-16 17:00:00 4.444444 4.444444 4.294120
2021-06-15 17:00:00 1.415094 1.415094 4.307401
2021-06-14 17:00:00 0.000000 7.826087 4.253168

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 0.521512 0.521512 0.965898
2021-06-19 17:00:00 0.849257 0.849257 1.005403
2021-06-18 17:00:00 1.246106 1.246106 1.149469
2021-06-17 17:00:00 1.710731 1.710731 1.235627
2021-06-16 17:00:00 0.505689 0.505689 1.438714
2021-06-15 17:00:00 1.258993 1.258993 1.601639
2021-06-14 17:00:00 1.869159 0.304646 1.723897

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 0.822499 1.658265 1.362913
2021-06-19 17:00:00 0.876145 0.876145 1.405314
2021-06-18 17:00:00 0.974954 0.974954 1.494968
2021-06-17 17:00:00 1.466395 1.466395 1.605220
2021-06-16 17:00:00 1.666667 1.666667 1.723146
2021-06-15 17:00:00 1.374633 1.374633 1.815407
2021-06-14 17:00:00 3.063380 3.063380 1.906033

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 7.627119 7.627119 5.819182
2021-06-19 17:00:00 5.754717 5.754717 6.093615
2021-06-18 17:00:00 4.746977 4.746977 6.261646
2021-06-17 17:00:00 5.232558 5.232558 6.245735
2021-06-16 17:00:00 6.345609 6.345609 6.619869
2021-06-15 17:00:00 7.777266 7.777266 6.638631
2021-06-14 17:00:00 2.718334 2.718334 6.779670

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 0.812274 0.812274 0.914688
2021-06-19 17:00:00 0.731159 0.731159 0.961779
2021-06-18 17:00:00 0.494743 0.494743 0.995324
2021-06-17 17:00:00 0.147493 0.147493 0.998312
2021-06-16 17:00:00 1.715511 1.715511 1.076222
2021-06-15 17:00:00 1.403957 1.403957 1.096173
2021-06-14 17:00:00 3.179487 3.179487 1.104778

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 5.308691 6.940621 4.320951
2021-06-19 17:00:00 4.144960 4.144960 4.393340
2021-06-18 17:00:00 4.855755 4.855755 4.439339
2021-06-17 17:00:00 4.426325 4.426325 4.504853
2021-06-16 17:00:00 2.670482 2.670482 4.582048
2021-06-15 17:00:00 3.248335 3.248335 4.678253
2021-06-14 17:00:00 5.747532 5.747532 4.851905

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 1.380176 1.122449 1.442924
2021-06-19 17:00:00 1.347240 1.347240 1.556937
2021-06-18 17:00:00 1.329629 1.329629 1.653005
2021-06-17 17:00:00 1.103956 1.103956 1.770833
2021-06-16 17:00:00 2.061856 2.061856 1.855879
2021-06-15 17:00:00 1.093211 1.093211 1.921222
2021-06-14 17:00:00 4.057397 1.651395 2.031548

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 6.699752 6.699752 3.449827
2021-06-19 17:00:00 1.980198 1.980198 3.474711
2021-06-18 17:00:00 3.178484 3.178484 3.392300
2021-06-17 17:00:00 4.051173 4.051173 3.469223
2021-06-16 17:00:00 2.251407 2.251407 3.464622
2021-06-15 17:00:00 3.354633 3.354633 3.550282
2021-06-14 17:00:00 2.040816 2.040816 3.480692

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 1.951220 1.219512 1.534500
2021-06-19 17:00:00 1.657459 1.657459 1.534221
2021-06-18 17:00:00 1.428571 1.428571 1.595453
2021-06-17 17:00:00 3.030303 3.030303 1.640324
2021-06-16 17:00:00 0.961538 0.961538 1.721400
2021-06-15 17:00:00 1.840491 1.840491 1.922885
2021-06-14 17:00:00 5.128205 1.509434 2.023723

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-20 17:00:00 1.893664 4.843409 4.150429
2021-06-19 17:00:00 3.393798 3.393798 4.248080
2021-06-18 17:00:00 3.638201 3.638201 4.391828
2021-06-17 17:00:00 2.939759 2.939759 4.516034
2021-06-16 17:00:00 3.619130 3.619130 4.672328
2021-06-15 17:00:00 1.082504 4.330018 4.925452
2021-06-14 17:00:00 2.865762 11.010558 5.005460

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.749838 1.749838 2.125989
Basilicata 13.235294 13.235294 7.404084
Calabria 3.716449 2.586826 3.164148
Campania 9.658422 9.658422 7.959640
Emilia-Romagna 6.013180 6.013180 5.782008
Friuli Venezia Giulia 0.608167 0.608167 1.357385
Lazio 2.375131 4.139015 3.439812
Liguria 1.453958 1.453958 1.390678
Lombardia 1.154275 1.154275 1.444996
Marche 1.547988 1.547988 1.763113
Molise 2.558635 2.558635 1.633097
P.A. Bolzano 5.298013 5.298013 4.039222
P.A. Trento 0.521512 0.521512 0.965898
Piemonte 0.822499 1.658265 1.362913
Puglia 7.627119 7.627119 5.819182
Sardegna 0.812274 0.812274 0.914688
Sicilia 5.308691 6.940621 4.320951
Toscana 1.380176 1.122449 1.442924
Umbria 6.699752 6.699752 3.449827
Valle d'Aosta 1.951220 1.219512 1.534500
Veneto 1.893664 4.843409 4.150429

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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